Alle 18,30 dell’8 settembre, quando si diffuse la notizia dell’armistizio, i soldati tedeschi della 1^ Divisione Paracadutisti e molti piloti del vicino campo di Torre de’ Giunchi, all’epoca usato dalla Luftwaffe, sparsi nei caffè cittadini e nei cinema, rientrarono immediatamente alle loro basi. I tedeschi da alleati divennero truppe di occupazione. La mattina del 9 settembre alla stazione ferroviaria bloccarono le tradotte di passaggio dirette al sud, dove stava per insediarsi il Regno del Sud. Pressati, però, dall’avanzata dell’VIII armata del Maresciallo MONTGOMERY, le truppe di HITLER iniziarono una frettolosa ritirata verso nord lungo il versante adriatico, lasciando una scia di morti e distruzioni. A San Severo i tedeschi davano il via al sistematico saccheggio di abitazioni e molti negozi furono svuotati. Prendevano animali e veicoli di ogni genere, toglievano le biciclette ai passanti, e portavano via anche il denaro delle banche cittadine. Erano ormai padroni della città, avevano occupato la caserma dei carabinieri e Palazzo Celestini. Solo i militari di un piccolo presidio, la 4^ compagnia del 107° Battaglione Territoriale Mobile, una quindicina di uomini, al comando del 
Capitano GIUSEPPE PICCOLI il 9 settembre rifiutarono la resa e resistettero con coraggio circa quattro ore alle soverchianti forze nemiche, che non riuscivano a stanarli, ma poi, finite le munizioni, furono costretti a mettersi in salvo. “La città aveva l’aspetto di una città morta, rarissimi i passanti e anche da lontano si percepiva il rumore dei passi cadenzati e delle scarpe chiodate delle pattuglie tedesche”, scriveva il pediatra GIACOMO PAZIENZA. I tedeschi arretravano frettolosamente, facendo saltare impianti produttivi, edifici, ponti e minando strade. Il 23 settembre i guastatori della 2^ compagnia della FlakDivision, si recarono al mulino e pastificio di PASQUALE CASILLO, quello sul Rosario, e lo minarono. Doveva saltare e venne svuotato di tutta la pasta che conteneva. Lasciarono nelle fosse il grano, che non poteva essere trasportato. La notte del 24 settembre un terribile boato fece tremare la terra e il 26 settembre i tedeschi abbandonarono San Severo dopo aver distrutto il ponte sulla ferrovia nei pressi del cimitero. Anche il Teatro Comunale era stato minato, ma non fecero in tempo a farlo saltare e le mine vennero disinnescate dagli artificieri inglesi. Nel risalire la penisola le truppe del Reich percorsero la Statale 16 e passarono sul ponte di Civitate, noto come il “Ponte di Ferro”, che, minato il 26 settembre, sempre dai guastatori della Flak Division, venne fatto saltare il 1° ottobre per ritardare l’avanzata degli anglo americani. Oltre al ponte i genieri tedeschi avrebbero minato anche altri guadi del fiume, se non fossero stati attaccati dagli uomini di un’unità irregolare comandata dal Maggiore VLADIMIR PENIAKOFF, detto POPSKI. Per tre giorni gli uomini di POPSKI, che avevano stabilito la loro base nel vicino Castello di Ripalta, difesero il guado in località Colle Palino, dando la possibilità alle truppe alleate, arrivate sul Fortore, di guadarlo. Così il Commissario prefettizio ARDUINO FRACCACRETA scriveva al prefetto di Foggia ETTORE COTRONEI, quantificando i danni subiti dai privati cittadini e dagli enti pubblici di San Severo: “I negozi più importanti furono completamente danneggiati con un danno denunziato di 8.000.000 di lire circa. Le industrie private, specialmente i mulini, tra saccheggi e incendi, denunziano un danno di 27.000.000 di lire. Le banche furono del tutto predate del contante (fino alle monete di rame e di nichelio) e dei titoli pubblici e privati, per un ammontare superiore ai 25.000.000 di lire. I privati, per saccheggi vari, furti di automobili, motori elettrici, biciclette, radio, effetti di valore, ecc. hanno subito un danno di 3.000.000 di lire circa, oltre innumerevoli furti nelle campagne di bestiame di ogni genere”.
